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# Directory Structure
```
├── .commitlintrc.json
├── .editorconfig
├── .eslintrc.json
├── .github
│ ├── AUTO-RELEASE-GUIDE.md
│ ├── auto-release.config.json
│ ├── dependabot.yml
│ ├── release-drafter.yml
│ └── workflows
│ ├── ai-release-notes.yml
│ ├── auto-release-on-merge.yml
│ ├── build.yml
│ ├── codeql-analysis.yml
│ ├── dependabot-auto-release.yml
│ ├── dependencies.yml
│ ├── deploy-docusaurus.yml
│ ├── lint.yml
│ ├── publish.yml
│ ├── release-drafter.yml
│ ├── security-scanning.yml
│ ├── test.yml
│ └── update-dashboard.yml
├── .gitignore
├── .gitleaks.toml
├── .husky
│ ├── pre-commit
│ └── pre-push
├── .npm-cache
│ ├── _cacache
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│ │ ├── state-reinforcement.ts
│ │ ├── tiered-response.ts
│ │ ├── tool-arguments.ts
│ │ └── tool-context.ts
│ └── utils
│ ├── actual-file-operations.ts
│ ├── adr-discovery.ts
│ ├── adr-knowledge-initializer.ts
│ ├── adr-suggestions.ts
│ ├── ai-executor.ts
│ ├── apply-cot-enhancement.ts
│ ├── automatic-prompt-engineering.ts
│ ├── cache.ts
│ ├── chain-of-thought-template.ts
│ ├── conditional-request.ts
│ ├── config.ts
│ ├── content-masking.ts
│ ├── conversation-memory-manager.ts
│ ├── deployment-analysis.ts
│ ├── deployment-type-registry.ts
│ ├── directory-compat.ts
│ ├── dynamic-deployment-intelligence.ts
│ ├── enhanced-logging.ts
│ ├── environment-analysis.ts
│ ├── environment-capability-registry.ts
│ ├── file-system.ts
│ ├── file-system.ts.backup
│ ├── gitleaks-detector.ts
│ ├── index.ts
│ ├── interactive-approval.ts
│ ├── json-safe.ts
│ ├── knowledge-generation.ts
│ ├── knowledge-graph-manager.ts
│ ├── llm-artifact-detector.ts
│ ├── location-filter.ts
│ ├── mcp-response-validator.ts
│ ├── memory-entity-manager.ts
│ ├── memory-health-scoring.ts
│ ├── memory-migration-manager.ts
│ ├── memory-relationship-mapper.ts
│ ├── memory-rollback-manager.ts
│ ├── memory-transformation.ts
│ ├── monitoring.ts
│ ├── output-masking.ts
│ ├── prompt-composition.ts
│ ├── prompt-execution.ts
│ ├── reflexion.ts
│ ├── release-readiness-detector.ts
│ ├── research-documentation.ts
│ ├── research-integration.ts
│ ├── research-orchestrator.ts
│ ├── research-questions.ts
│ ├── resource-versioning.ts
│ ├── ripgrep-wrapper.ts
│ ├── root-manager.ts
│ ├── rule-format.ts
│ ├── rule-generation.ts
│ ├── server-context-generator.ts
│ ├── state-reinforcement-manager.ts
│ ├── tiered-response-manager.ts
│ └── tree-sitter-analyzer.ts
├── test-results
│ └── junit.xml
├── tests
│ ├── __mocks__
│ │ ├── @tree-sitter-grammars
│ │ │ └── tree-sitter-hcl.ts
│ │ ├── tree-sitter-bash.ts
│ │ ├── tree-sitter-dockerfile.ts
│ │ ├── tree-sitter-javascript.ts
│ │ ├── tree-sitter-json.ts
│ │ ├── tree-sitter-python.ts
│ │ ├── tree-sitter-typescript.ts
│ │ ├── tree-sitter-yaml.ts
│ │ └── tree-sitter.ts
│ ├── ape.test.ts
│ ├── cache-architecture-analysis.md
│ ├── cache.test.ts
│ ├── config
│ │ └── ai-config.test.ts
│ ├── config.test.ts
│ ├── index.test.ts
│ ├── integration
│ │ ├── memory-migration-integration.test.ts
│ │ ├── memory-migration-simple.test.ts
│ │ ├── memory-system-integration.test.ts
│ │ └── smart-code-linking.test.ts
│ ├── knowledge-generation.test.ts
│ ├── mcp-server.test.ts
│ ├── performance
│ │ └── memory-performance.test.ts
│ ├── performance-effectiveness.test.ts
│ ├── prompts
│ │ ├── deployment-analysis-prompts.test.ts
│ │ ├── environment-analysis-prompts.test.ts
│ │ ├── research-integration-prompts.test.ts
│ │ ├── research-question-prompts.test.ts
│ │ ├── rule-generation-prompts.test.ts
│ │ └── security-prompts.test.ts
│ ├── README.md
│ ├── reflexion.test.ts
│ ├── research-integration-tool.test.ts
│ ├── research-question-tool.test.ts
│ ├── resources
│ │ ├── code-quality-resource.test.ts
│ │ └── deployment-history-resource.test.ts
│ ├── setup.ts
│ ├── smart-git-push-release-readiness.test.ts
│ ├── smart-git-push-v2.test.ts
│ ├── smart-git-push.test.ts
│ ├── smoke.test.ts
│ ├── templates
│ │ └── domain-knowledge-templates.test.ts
│ ├── tools
│ │ ├── adr-bootstrap-validation-tool.test.ts
│ │ ├── adr-suggestion-tool.test.ts
│ │ ├── adr-validation-tool.test.ts
│ │ ├── content-masking-tool.test.ts
│ │ ├── deployment-analysis-tool.test.ts
│ │ ├── deployment-guidance-tool.test.ts
│ │ ├── deployment-readiness-tool.test.ts
│ │ ├── environment-analysis-tool.test.ts
│ │ ├── interactive-adr-planning-tool.test.ts
│ │ ├── mcp-planning-tool.test.ts
│ │ ├── memory-loading-tool.test.ts
│ │ ├── perform-research-tool.test.ts
│ │ ├── perform-research-tool.test.ts.backup
│ │ ├── research-integration-tool.test.ts
│ │ ├── review-existing-adrs-tool.test.ts
│ │ ├── rule-generation-tool.test.ts
│ │ ├── smart-git-push-tool-v2.test.ts
│ │ ├── smart-git-push-tool.test.ts
│ │ ├── tool-chain-orchestrator.test.ts
│ │ └── troubleshoot-guided-workflow-tool.test.ts
│ ├── types
│ │ └── conversation-context.test.ts
│ ├── types.test.ts
│ ├── utils
│ │ ├── adr-knowledge-initializer.test.ts
│ │ ├── advanced-prompting-test-utils.ts
│ │ ├── ai-executor.test.ts
│ │ ├── conditional-request.test.ts
│ │ ├── deployment-analysis.test.ts
│ │ ├── environment-capability-registry.test.ts
│ │ ├── file-system.test.ts
│ │ ├── find-related-code.test.ts
│ │ ├── gitleaks-detector.test.ts
│ │ ├── interactive-approval.test.ts
│ │ ├── llm-artifact-detector.test.ts
│ │ ├── location-filter.test.ts
│ │ ├── mcp-response-validator.test.ts
│ │ ├── memory-entity-manager.test.ts
│ │ ├── memory-relationship-mapper.test.ts
│ │ ├── memory-rollback-manager.test.ts
│ │ ├── memory-transformation.test.ts
│ │ ├── monitoring-smoke.test.ts
│ │ ├── monitoring.test.ts
│ │ ├── output-masking.test.ts
│ │ ├── prompt-composition.test.ts
│ │ ├── prompt-execution.test.ts
│ │ ├── release-readiness-detector.test.ts
│ │ ├── research-documentation.test.ts
│ │ ├── research-integration.test.ts
│ │ ├── research-orchestrator.test.ts
│ │ ├── research-questions.test.ts
│ │ ├── resource-versioning.test.ts
│ │ ├── rule-format.test.ts
│ │ ├── rule-generation.test.ts
│ │ ├── test-config.ts
│ │ ├── test-helpers.test.ts
│ │ ├── test-helpers.ts
│ │ ├── test-infrastructure.test.ts
│ │ ├── test-infrastructure.ts
│ │ ├── tree-sitter-analyzer.test.ts
│ │ └── tree-sitter-jest-integration.test.ts
│ └── version.test.ts
├── tsconfig.json
└── typedoc.json
```
# Files
--------------------------------------------------------------------------------
/docs/.dockerignore:
--------------------------------------------------------------------------------
```
node_modules
npm-debug.log
.docusaurus
build
.git
.gitignore
README.md
.DS_Store
.env
.env.local
.vitepress
*.md
!docs/**/*.md
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.prettierrc.json:
--------------------------------------------------------------------------------
```json
{
"semi": true,
"trailingComma": "es5",
"singleQuote": true,
"printWidth": 100,
"tabWidth": 2,
"useTabs": false,
"bracketSpacing": true,
"arrowParens": "avoid"
}
```
--------------------------------------------------------------------------------
/docs/.gitignore:
--------------------------------------------------------------------------------
```
# Docusaurus
.docusaurus/
build/
node_modules/
# VitePress (legacy - can be removed after migration)
.vitepress/dist/
.vitepress/cache/
# Misc
.DS_Store
*.log
npm-debug.log*
yarn-debug.log*
yarn-error.log*
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.commitlintrc.json:
--------------------------------------------------------------------------------
```json
{
"extends": ["@commitlint/config-conventional"],
"rules": {
"type-enum": [
2,
"always",
["feat", "fix", "docs", "style", "refactor", "test", "chore", "perf", "ci", "build", "revert"]
],
"scope-enum": [
2,
"always",
[
"tools",
"utils",
"types",
"prompts",
"config",
"cache",
"memory",
"security",
"performance",
"testing",
"docs",
"ci",
"deps",
"release"
]
],
"subject-max-length": [2, "always", 100],
"subject-case": [2, "always", "lower-case"],
"body-max-line-length": [2, "always", 100],
"header-max-length": [2, "always", 100]
},
"defaultIgnores": true,
"helpUrl": "https://github.com/conventional-changelog/commitlint/#what-is-commitlint"
}
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.eslintrc.json:
--------------------------------------------------------------------------------
```json
{
"env": {
"es2022": true,
"node": true
},
"extends": ["eslint:recommended", "@typescript-eslint/recommended"],
"parser": "@typescript-eslint/parser",
"parserOptions": {
"ecmaVersion": "latest",
"sourceType": "module"
},
"plugins": ["@typescript-eslint"],
"rules": {
"@typescript-eslint/no-unused-vars": [
"error",
{
"caughtErrors": "none",
"argsIgnorePattern": "^_",
"varsIgnorePattern": "^_"
}
],
"@typescript-eslint/no-explicit-any": "off",
"@typescript-eslint/explicit-function-return-type": "off",
"@typescript-eslint/explicit-module-boundary-types": "off",
"@typescript-eslint/no-non-null-assertion": "warn",
"prefer-const": "error",
"no-var": "error",
"no-console": "warn",
"no-undef": "off",
"no-useless-escape": "warn"
},
"ignorePatterns": ["dist/", "node_modules/", "coverage/", "*.js"]
}
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.editorconfig:
--------------------------------------------------------------------------------
```
# EditorConfig is awesome: https://EditorConfig.org
# Top-most EditorConfig file
root = true
# All files
[*]
charset = utf-8
end_of_line = lf
insert_final_newline = true
trim_trailing_whitespace = true
indent_style = space
indent_size = 2
# TypeScript and JavaScript files
[*.{ts,js,mts,cts}]
indent_style = space
indent_size = 2
max_line_length = 100
# JSON files
[*.json]
indent_style = space
indent_size = 2
# Markdown files
[*.md]
trim_trailing_whitespace = false
max_line_length = off
# Package files
[package.json]
indent_style = space
indent_size = 2
# Shell scripts
[*.{sh,bash}]
indent_style = space
indent_size = 2
# YAML files
[*.{yml,yaml}]
indent_style = space
indent_size = 2
# Configuration files
[*.config.{js,ts}]
indent_style = space
indent_size = 2
# Test files
[*.{test,spec}.{ts,js}]
indent_style = space
indent_size = 2
max_line_length = 100
# Documentation files
[docs/**/*.md]
trim_trailing_whitespace = false
max_line_length = off
# ADR files (specific to this project)
[**/*adr*.md]
trim_trailing_whitespace = false
max_line_length = off
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.gitignore:
--------------------------------------------------------------------------------
```
# MCP ADR Analysis Server - Git Ignore Rules
# Cache directory (MUST exclude per shrimp-rules.md)
.mcp-adr-cache/
# Memory system storage (exclude from repository)
.mcp-adr-memory/
# Auto-generated server context (for LLM @ referencing)
.mcp-server-context.md
# Migration backup files (exclude from repository)
.mcp-migration-backups/
# Node.js dependencies
node_modules/
.npm-cache/
# Environment files
.env
.env.*
# Log files
*.log
npm-debug.log*
yarn-debug.log*
yarn-error.log*
# Prohibited files per PRD requirements
PRD.md
mcp-shrimp-task-manager/
# Build outputs
dist/
build/
*.tsbuildinfo
# Generated documentation (TypeDoc)
docs/api/
# Docusaurus build artifacts
docs/build/
docs/.docusaurus/
# IDE and editor files
.vscode/
.idea/
*.swp
*.swo
*~
# OS generated files
.DS_Store
.DS_Store?
._*
.Spotlight-V100
.Trashes
ehthumbs.db
Thumbs.db
# Test coverage
coverage/
.nyc_output/
# Temporary files
tmp/
temp/
todo.md
shrimp-rules.md
CLAUDE.md
# VitePress cache
docs/.vitepress/cache/
docs/.vitepress/dist/
# VitePress cache
docs/.vitepress/cache/
docs/.vitepress/dist/
# Generated API documentation (TypeDoc)
docs/api/
.kiro
mcp-shrimp-task-data
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.gitleaks.toml:
--------------------------------------------------------------------------------
```toml
# Gitleaks configuration for MCP ADR Analysis Server
title = "gitleaks config for MCP ADR Analysis Server"
# Extend default config
[extend]
useDefault = true
# Custom rules for additional secret detection
[[rules]]
id = "twilio-sid"
description = "Twilio Account SID"
regex = '''AC[0-9a-fA-F]{32}'''
tags = ["key", "twilio"]
[[rules]]
id = "stripe-key"
description = "Stripe API key"
regex = '''sk_live_[0-9a-zA-Z]{24,}'''
tags = ["key", "stripe"]
[[rules]]
id = "openrouter-key"
description = "OpenRouter API key"
regex = '''sk-or-v1-[0-9a-f]{64}'''
tags = ["key", "openrouter"]
# Allowlist for test files and safe patterns
[allowlist]
description = "Global allowlist for safe patterns"
paths = [
'''tests/.*\.test\.ts''',
'''tests/.*\.spec\.ts''',
'''README\.md''',
'''.*\.md''',
'''package\.json''',
'''package-lock\.json''',
'''\.gitleaks\.toml''',
'''\.npm-cache/.*''',
]
regexes = [
'''ACxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx''', # Placeholder Twilio SID
'''sk_test_.*''', # Stripe test keys
'''eyJhbGciOiJIUzI1NiIsInR5cCI6IkpXVCJ9\..*''', # Common test JWT
'''test.*secret''',
'''example.*key''',
'''fake.*token''',
'''placeholder.*''',
'''xxxxxxxxxx.*''',
]
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.pre-commit-config.yaml:
--------------------------------------------------------------------------------
```yaml
# Pre-commit configuration for MCP ADR Analysis Server
# See https://pre-commit.com for more information
repos:
# Pre-commit hooks for general checks
- repo: https://github.com/pre-commit/pre-commit-hooks
rev: v4.6.0
hooks:
- id: trailing-whitespace
exclude: ^(.*\.md|.*\.txt)$
- id: end-of-file-fixer
exclude: ^(.*\.md|.*\.txt)$
- id: check-yaml
- id: check-json
- id: check-toml
- id: check-merge-conflict
- id: check-added-large-files
args: ['--maxkb=500']
- id: detect-private-key
# Secret detection with gitleaks
- repo: https://github.com/gitleaks/gitleaks
rev: v8.18.4
hooks:
- id: gitleaks
# TypeScript and JavaScript formatting
- repo: https://github.com/pre-commit/mirrors-prettier
rev: v4.0.0-alpha.8
hooks:
- id: prettier
files: \.(ts|js|json|md|yaml|yml)$
exclude: ^(dist/|node_modules/|coverage/|\.mcp-adr-cache/)
# Security scanning for Node.js dependencies
- repo: local
hooks:
- id: npm-audit
name: npm audit
entry: npm audit --audit-level moderate
language: system
files: package\.json
pass_filenames: false
# ESLint and TypeScript checking
- id: eslint-check
name: ESLint and TypeScript check
entry: npm run lint
language: system
files: \.(ts|js)$
pass_filenames: false
# Run tests (but allow failures for performance tests)
- id: test-suite
name: Run test suite
entry: bash -c 'npm run test || echo "Some tests failed but continuing"'
language: system
files: \.(ts|js)$
pass_filenames: false
# Build check
- id: build-check
name: Build check
entry: npm run build
language: system
files: \.(ts|js|json)$
pass_filenames: false
```
--------------------------------------------------------------------------------
/.pre-commit-setup.md:
--------------------------------------------------------------------------------
```markdown
# Pre-commit Setup Summary
This document summarizes the pre-commit configuration and security measures implemented for the MCP ADR Analysis Server.
## Implemented Security Features
### 1. Secret Detection
- **Tool**: Gitleaks v8.28.0
- **Configuration**: `.gitleaks.toml`
- **Features**:
- Scans for common secrets (API keys, tokens, credentials)
- Custom rules for Twilio SID, Stripe keys, OpenRouter keys
- Smart allowlist for test files and placeholders
- Integrated into both pre-commit and pre-push hooks
### 2. Pre-commit Hooks (`.husky/pre-commit`)
- **Security checks**:
- Gitleaks secret scanning
- Private key detection (excluding test patterns)
- **Code quality**:
- Code formatting with Prettier via lint-staged
- TypeScript type checking
- Project build validation
- Smoke test execution
### 3. Pre-push Hooks (`.husky/pre-push`)
- **Final security scan**: Comprehensive gitleaks check
- **Dependency security**: npm audit for vulnerabilities
- **Build validation**: Ensures clean build before push
- **Test suite**: Runs full test suite (allows performance test failures)
### 4. Configuration Files
#### `.gitleaks.toml`
- Extends default gitleaks configuration
- Custom rules for project-specific secrets
- Smart allowlisting for test files and safe patterns
#### `.pre-commit-config.yaml`
- Comprehensive pre-commit framework configuration
- Multiple hooks for security, formatting, and quality
- Integrates with existing tools
## Fixed Issues
1. **Secret Detection Issue**:
- Fixed Twilio Account SID in `tests/utils/tree-sitter-analyzer.test.ts:781`
- Replaced test credentials with safe placeholder patterns
2. **Security Gaps**:
- Added comprehensive secret scanning
- Implemented private key detection
- Added dependency vulnerability checks
3. **Hook Optimization**:
- Enhanced error handling and user feedback
- Balanced security with developer experience
- Graceful handling of test failures
## Installation and Usage
### Prerequisites
```bash
brew install gitleaks # For secret scanning
npm install # Install project dependencies
```
### Hooks are automatically active via Husky
- Pre-commit: Runs on every commit
- Pre-push: Runs before pushing to remote
### Manual Testing
```bash
# Test secret scanning
gitleaks detect --source . --verbose
# Test pre-commit hook
./.husky/pre-commit
# Test pre-push hook
./.husky/pre-push
```
## Best Practices
1. **For Developers**:
- Use placeholder values for secrets in tests (e.g., `ACxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx`)
- Review security warnings before bypassing
- Keep dependencies updated
2. **For Test Files**:
- Use clearly identifiable placeholder patterns
- Document test data as non-real in comments
- Follow established patterns for consistency
3. **For CI/CD**:
- Hooks run locally and in CI environments
- Build failures block pushes for security
- Test failures are logged but don't block (for known performance test issues)
## Troubleshooting
### Common Issues
1. **Gitleaks false positives**: Add patterns to `.gitleaks.toml` allowlist
2. **Build failures**: Check TypeScript compilation and dependencies
3. **Test failures**: Performance tests may fail intermittently (allowed)
### Bypassing Hooks (Emergency Only)
```bash
git commit --no-verify # Skip pre-commit
git push --no-verify # Skip pre-push
```
**Note**: Only use `--no-verify` in emergencies and address issues immediately after.
```
--------------------------------------------------------------------------------
/sample-project/README.md:
--------------------------------------------------------------------------------
```markdown
# Sample Project
This is a sample project used for testing the MCP ADR Analysis Server functionality.
## Architecture Decisions
Our ADRs are located in `docs/adrs/` and track our key architectural decisions.
## Current Status
- Database architecture: Implemented (PostgreSQL + Redis)
- API authentication: In progress (JWT + RBAC)
- Legacy migration: Deprecated (replaced by streaming approach)
## Development
This project is used to test:
- ADR discovery and parsing
- Task extraction from architectural decisions
- JSON-first TODO management
- Progress tracking and health scoring
```